崇圣寺及三塔建成后，寺院保存较好。元武宗时曾“降圣旨”封释觉性为住持僧，保护寺产，免征粮税。元代亦曾加以维修，使得“殿庑焕然复兴，三塔峙立，金碧交辉，巨丽与山埒(相等)”。明代，李元阳重修，亦有“三阁、七楼、九殿、百厦”。
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